Matthias Eisenberg stammt aus einem traditionsreichen, musikalischen Umfeld: 1956 wurde er in Dresden geboren.

Seit seinem fünften Lebensjahr erhielt er Klavierunterricht und nach den ersten Versuchen an der Orgel war er schon ab dem neunten Lebensjahr Organist in seiner sächsischen Heimatstadt und an verschiedenen umliegenden Kirchengemeinden sowie dann fünf Jahre lang Mitglied des Dresdner Kreuzchores.

Er studierte in Leipzig an der Hochschule "Felix Mendelssohn Bartholdy" bei Wolfgang Schetelich.

Eisenberg war Preisträger mehrerer internationaler Wettbewerbe. Auf der Grundlage seines umfassenden, jederzeit abrufbereiten Repertoires hatte er sich eine für einen Organisten ungewöhnliche Popularität erspielt. Zudem gilt er als Meister der freien Improvisation. Bei zahlreichen Orgelneubauten und -renovierungen wird er als Orgelspezialist hinzugezogen.

1980 wurde er als Gewandhausorganist zu Leipzig verpflichtet, wo er gleichzeitig Cembalist des Leipziger Bachorchesters war.

1986 erfolgte die Übersiedlung in den Westen. Nach kirchenmusikalischer Tätigkeit in Frankfurt am Main und Hannover konzertierte er als Organist und Cembalist und spielte zahlreiche Rundfunk- und CD-Produktionen ein. Konzertreisen führen ihn in viele europäische Länder, außerdem in die USA, nach Kanada, Lateinamerika, Indien, Russland und Fernost.

Von 1992 bis 2004 war Eisenberg Kirchenmusiker an St. Severin in Keitum / Sylt. Von dort aus setzte er seine Konzerttätigkeit auf dem Festland unvermindert fort. Zu einem geradezu triumphalen Erfolg wurde im Januar 2001 sein erster Auftritt nach 15 Jahren im Leipziger Gewandhaus: In dem seit Wochen ausverkauften Haus erklatschte sich das Publikum mit stehenden Ovationen eine Zugaben-Serie von mehr als einer Stunde.

Im Jahre 2003 wurde Matthias Eisenberg zum Professor und Kirchenmusikdirektor ernannt.

Seit November 2004 ist er Kantor und Organist an der Luther-, Moritz- und Johanniskirche in Zwickau.